Πρόκειται για τη χρήση φυσικών εχθρών των επιβλαβών οργανισμών ως βιολογικών παραγόντων καταπολέμησης. Για παράδειγμα αναφέρεται η εφαρμογή βακτηρίων του είδους Bacillus thuringiensis με σκοπό την καταπολέμηση των κουνουπιών, σε περιοχές που υπάγονται στο δίκτυο προστασίας των ειδών και των ενδιαιτημάτων τους «Natura» της Ευρωπαϊκής Ένωσης, όπου απαγορεύεται η χρήση χημικών βιοκτόνων σκευασμάτων. Τα βιολογικά σκευάσματα αφορούν αρπακτικά, παρασιτοειδή, παθογόνα μικρόβια (ιοί, μύκητες, πρωτόζωα, βακτήρια) παράσιτα και νηματώδεις σκώληκες.