Υπάρχουν τρεις κατασταλτικές μέθοδοι που στοχεύουν στον έλεγχο των επιβλαβών οργανισμών και αναφέρονται ως φυσικός (μηχανικός), χημικός και βιολογικός έλεγχος. Κάθε μια από αυτές έχει τα δικά της μειονεκτήματα και πλεονεκτήματα. Σε περίπτωση που θα χρησιμοποιηθούν μεμονωμένα μπορεί και να μη φέρουν τα επιθυμητά αποτελέσματα.
Ο συνδυασμός των παραπάνω μεθόδων στο σύστημα Ολοκληρωμένης Διαχείρισης της Defon ενισχύει την αποτελεσματικότητα στην καταπολέμηση των επιβλαβών οργανισμών. Η συνεισφορά κάθε μεθόδου κρίνεται ανάλογα με την αποτελεσματικότητά της έχοντας πρωταρχικά κατοχυρώσει την ασφάλεια και την υγιεινή των ανθρώπων καθώς και την προστασία του περιβάλλοντος.
Ένα σύστημα ελέγχου θα πρέπει να διασφαλίζει την άμβλυνση του προβλήματος και όχι την όξυνσή του. Για παράδειγμα, η αλόγιστη εφαρμογή χημικών, με σκοπό τον έλεγχο μιας προσβολής από επιβλαβείς οργανισμούς, θα μπορούσε να οδηγήσει σε καταστάσεις επικίνδυνες για το περιβάλλον, όπως μια οικολογική καταστροφή, που ενδεχομένως να είναι σοβαρότερες και πιο μόνιμες από τα προβλήματα που θα δημιουργούσαν οι ίδιοι οι οργανισμοί. Σε τέτοιες περιπτώσεις, φυσικές (μηχανικές) και βιολογικές μέθοδοι χρησιμοποιούνται ώστε να λειτουργούν επικουρικά στο χημικό έλεγχο προκειμένου να ελαχιστοποιούν τις αρνητικές επιπτώσεις.
Ειδικά στην περίπτωση των τρωκτικών λαμβάνεται υπόψιν μια επιπλέον παράμετρος που αφορά στην «ανθρωπιστική» τους αντιμετώπιση η οποία συνιστά τη διασφάλιση του ελάχιστου δυνατού πόνου και της ελάχιστης δυνατής αγωνίας γι’ αυτά.
Τα πτηνά και τα φίδια, στις περισσότερες χώρες συμπεριλαμβανομένης και της Ελλάδας, βρίσκονται υπό καθεστώς προστασίας και απαγορεύονται οι εφαρμογές που μπορούν να τα πληγώσουν ή να τα θανατώσουν. Η αντιμετώπισή τους περιορίζεται σε εφαρμογές απώθησης.